Certaines fonctions du Secrétariat sont entre autres, d’appuyer et renforcer les institutions nationales des droits de l’homme en:
• Plannifiant, facilitant et encourageant les activités régionales
• Mettant en oeuvre et faisant le suivi des décisions prises par les institutions nationales africaines des droits de l’homme, le Comité Internatiopnal de Coordination des Institutions Nationales ainsi que d’autres structures.
• Facilitant la co-opération parmi les INDH ainsi que entre les INDH et les autres organs regionaux, gouvernementaux et inter-gouvernementaux.
• Renforcant la capacité des institutions nationales africaines des droits de l’homme en particulier en se basant sur les questions de  préoccupation des droits de l’homme.