Le Comité Directeur est l’organe du Réseau responsable du contrôle général et direction du Secrétariat, nomination et supervision du Directeur Exécutif et des hauts cadres du Secrétariat e il assume également toutes les fonctions assignées au Comité dans l’Acte constitutif du Réseau et par l’Assemblée générale. Le Président du Réseau est aussi le Président du Comite Directeur.
Le Comité Directeur comprend neuf membres dont quatre qui sont les membres de droit et cinq élus parmi les membres votant du Réseau. Le Comité Directeur actuel est composé des membres suivants :
1. Conseil Consultatif des Doits de l'Homme – le Président du Réseau
2. South African Human Rights Commssion– le Vice-président du Réseau et le prochain hôte de la 8ème Conférence des Institutions Nationales Africaines des Droits de l’Homme
3. Le Rwanda, Commission Nationale des Droits de la Personne, Rwanda– Le Président précédent du Réseau
4. Le Kenya- Le pays abritant le Secrétariat, membre d’office- Kenya National Commission on Human Rights
5. Le Togo, Commission Nationale des Droits de l’Homme- représentant l’Afrique de l’Ouest,
6. L’Egypte,The National Council of Human Rights - représentant l'Afrique du Nord
7. L’Ouganda représentant l’Afrique de l’Est et
8. Malawi Human Rights Commission- représentant l’Afrique Australe
Les membres du Comité Directeur siègent en qualité de représentants de leurs institutions et régions.