Le secrétariat est l’organe de mise en œuvre de la NANHRI. Il est basé à Nairobi, au Kenya, et hébergé par la Commission nationale des droits de l’homme du Kenya.
Entre autres, le secrétariat élabore et met en œuvre des plans de travail annuels, des budgets et des rapports au comité directeur et à l’assemblée générale.
Le secrétariat dispose d’un effectif d’environ 10 professionnels comprenant le directeur exécutif, des responsables de programme, un responsable financier, un responsable administratif, un conseiller en communication et en plaidoyer, ainsi que des assistants de programme et des assistants financiers.
